胃肠道间质瘤具有潜在恶性，它的良恶性评判要根据肿瘤发生部位、大小、是否破裂以及核分裂大小四个因素来定的，肿瘤一旦发生破裂就是高危等级。此外，小肠来源的间质瘤恶性程度是最高的，胃来源的良性间质瘤可进行观察。